Лапута, летающий остров, является старинной легендой. Одни считают, что он является сосредоточением огромной военной мощи, другие — несметных сокровищ. Но небесный замок, затерявшийся среди облаков, возможно найти лишь с помощью кристалла Летающего Камня. Этот кристалл в виде талисмана носит юная Сита, и за ней и талисманом начинается охота. Фильм начинается с нападения воздушных пиратов на дирижабль. Сита срывается с дирижабля и падает вниз, однако волшебная сила талисмана спасает её. Ситу в бессознательном состоянии находит мальчик Пазу из шахтёрского городка и заботится о ней. Однако пираты не оставляют надежд завладеть талисманом. Их конкурентами являются военные, которые с помощью талисмана пытаются найти путь на летающий остров Лапута, скрытый в облаках воздушного океана. Военные захватывают Ситу в плен. Старинное заклинание, произнесённое Ситой, случайно возвращает к жизни робота-солдата и открывает проход к легендарному острову. Пазу вместе с пиратами спасает Ситу из крепости. У военных остаётся талисман, который показывает направление к Лапуте, и они летят туда на дирижабле «Голиаф». Их преследуют пираты, на сторону которых встают Пазу и Сита. Во главе правительственных агентов оказывается Муска — один из потомков властителей Лапуты (родственник Ситы), который мечтает с помощью талисмана, острова и технологий Лапуты захватить власть над Землей. Пазу и Сита хотят сохранить мир на Земле и делают для этого всё возможное.