Дэн, Маручо, Джейк и Шун попадают в войну между двумя планетами Нифией и
Гандэлией. Гандэлия использует бакуганов и людей в войне для того чтобы
покорить Нифию. Они объединяют свои усилия с тремя новыми бойцами:
принцессой Нифии Фабией, другом Дэна — Джейком и гандэлианцем Рэном,
чтобы остановить воинов Гандэлии и боевую дюжину, а также спасти от
уничтожения Нифию и Землю.
Цель Агентов был захват системы «Бакуган ИнтерСпейс», в то время как
остальные искали Элемент. Но судьбы Агентов сложились трагически: Сид
поплатился жизнью за проигрыш Элемента, но оказалось что он жив, но
потом упал со скалы, передав своего бакугана Рену, а Мейсон улетел в
разлом межпространственного шторма. Рен перешёл на сторону Нифии. Позже
выяснилось, что все агенты и Нурзак живы и тоже перешли на светлую
сторону. Остальные члены Боевой Дюжины были убиты.